Η Κίμωλος φαίνεται ότι κατοικείται από την ύστερη νεολιθική περίοδο (2500 π.Χ.), πράγμα που αποδεικνύεται από τα σχετικά αρχαιολογικά ευρήματα, αρκετά από τα οποία εκτίθονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Κιμώλου, όπου και παρουσιάζονται ανα χρονολογικές ενότητες. Στην διπλανή εικόνα φαίνονται απομεινάρια της αρχαίας πόλης της Κιμώλου, η οποία είναι πλέον βυθισμένη. Ο Μυκηναϊκός πολιτισμός είχε αποδεδειγμένα φτάσει ως την Κίμωλο (όπως φανερώνουν αγγεία που βρέθηκαν στην θέση Ελληνικά), ενώ κατά την Κλασσική περίοδο το νησί συμμετείχε και στην Α' Αθηναϊκή Συμμαχία. Μερικούς αιώνες αργότερα υποτάχθηκε στους Μακεδόνες, ενώ με την άνοδο της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας ακολούθησε την τύχη των υπόλοιπων Κυκλάδων. Αρκετοί ιστορικοί της τότε εποχής, όπως ο Σίμος ο Δήλιος, ο Αθηναίος και ο Πτολεμαίος ο Κλαυδιος την αναφέρουν στα κείμενα τους κυρίως για την "κιμώλια γη" (είδος ορυκτού πετρώματος) καθώς και για τα περίφημα σύκα της, των οποίων οι εξαγωγές συντηρούσαν οικονομικά το νησί.
Οι πληροφορίες που υπάρχουν για την ιστορία του νησιού για τα πρώτα Χριστιανικά χρόνια είναι ως τώρα ελάχιστες. Τα ιστορικά στοιχεία δείχνουν πως υπάρχει κινητικότητα στην Κίμωλο μετά τον 16ο αιώνα μ.Χ., όταν ιδρύεται και το Κάστρο. Την περίοδο εκείνη η Κίμωλος, διοικείται από Φράγκους, όπως άλλωστε και οι υπόλοιπες Κυκλάδες. Στην συνέχει ακολουθεί μια δύσκολη περίοδος με πολέμικές συγκρούσεις μεταξύ Φράγκων και Οθωμανών, ενώ παράλληλα πολλαπλασιάζονται και οι πειρατικές επιδρομές σε όλη την Μεσόγειο, πράγματα που δυσχαιρένουν κατά πολύ την ήδη δύσκολη ζωή των κατοίκων της Κιμώλου. Με την κύρηξη της Ελληνικής Επανάστασης το 1821, εντάσσεται στο νεοσύστατο Ελληνικό κράτος το 1830. Η οικονομία της βασίζεται στην γεωργία, την αλιεία και την εξαγωγή μεταλλευμάτων λόγω του πλούσιου σε κοιτάσματα ηφαιστειογενές υπεδάφους της. Κατά το Δεύτερο Παγκόσμιο πόλεμο στήριξε ενεργά με πολλούς τρόπους της δυνάμεις της αντίστασης ενάντια στον Άξονα, λόγω του ότι την γειτονική Μήλο είχαν καταλάβει οι Ναζιστικές δυνάμεις προς εκμετάλλευση της ιδανικής γεωγραφικής της θέσης. Σήμερα η Κίμωλος διατηρεί ακόμα την ιδιαίτερη ζωντάνια της συνεχίζοντας την πορεία της μέσα στον χρόνο.